Школа №44 была открыта 1 сентября 1968 года. Первым директором школы стала Прончатова Наталья Филипповна. 
Главной задачей стало создание самостоятельного инициативного, дисциплинированного ученического коллектива. Школа стала бороться за присвоение имени Дзержинского. В работе помогала пионерская дружина, комсомольская организация. Шел тщательный подбор кадров для учительского коллектива, в школу приходили люди ответственные, образованные. Уже в самом начале пути удалось достичь хороших результатов.
Школьный коллектив в итоге работы первого десятилетия школа получила звание образцового содержания и высокой дисциплины — высокую оценку РУНО. С 1983 года директор школы — Фурмавнина Калерия Петровна. На базе школы 44 проводились семинары методической подготовки учителей. Сложился хороший коллектив педагогов. Среди них были отличники образования и заслуженные учителя. Школа стала кузницей руководящих работников, которые потом продолжили свою деятельность в районе. Здесь выросли директора и завучи школ. Все это вывело школу на новый этап развития.
В 1991 году пост директора заняла Беляева Татьяна Владимировна. От рядового учителя с испытательным сроком до секретаря партийной 
организации прошла она свой трудовой путь. Проявив себя как отличный организатор, Татьяна Владимировна не только сумела сохранить школьный коллектив и традиции школы, но и вывести его к новым высотам. За последнее десятилетия в школе продолжают трудиться как педагоги старого поколения, так и педагоги — новаторы. Благодаря этому школа получила статус школы, с углубленным изучением естественных наук и центра экологического образования.
С 2006 года директором МОУ СОШ № 44 с углубленным изучением отдельных предметов стала Булатова Елена Евгеньевна. Основными 
направлениями деятельности школы на настоящее время являются углубленное изучение математики, физики, химии, биологии. Большое внимание уделяется экологическому образованию и воспитанию школьников. Школа характеризуется сформированной воспитательной системой и высокопрофессиональным педагогическим коллективом: 3 учителя имеют звание «Заслуженный учитель РФ», 5 учителей награждены знаком » Отличник народного просвещения РФ», 3 учителя стали победителями конкурса лучших учителей РФ (2006г.). Развивается активное сотрудничество с ВУЗами города (ННГУ, ННГТУ, ННГАСУ, НГМА), что позволяет обеспечить высокий образовательный уровень выпускников школы — более 90% учащихся становятся студентами Нижегородских ВУЗов.